A. 專書

1. 《近代文明的新趨勢》，香港：自由出版社，1953。
2. 《民主制度的發展》，香港：亞洲出版社，1954。
   以上二書合刊為《西方民主制度與近代文明》，台中：漢新出版社，1984。
3. 《民主革命論》，香港：自由出版社，1954；台北：九思出版社重印本，1979。
4. 《到思維之路》，香港：高原出版社，1954；台中：漢新出版社重印本，1984。
5. 《自由與平等之間》，香港：自由出版社，1955；台中：漢新出版社重印本易名《自由與平　等》，1984。
6. 《文明論衡》，香港：高原出版社，1955；台北：九思出版社重印本，1979。
7. 《方以智晚節考》，香港：新亞研究所，1972；台北：允晨文化公司增訂擴大版，1986。
8. 《歷史與思想》，台北：聯經出版事業公司，1976。
9. 《論戴震與章學誠：清代中期學術思想史研究》，香港：龍門書店，1976；台北：華世出版社重印本，1980；台北：東大圖書公司增訂本，1996。
10. 《紅樓夢的兩個世界》，台北：聯經出版事業公司，1978；1981年增訂再版。
11. 《中國知識階層史論：古代篇》，台北：聯經出版事業公司，1980。
12. 《史學與傳統》，台北：時報文化出版公司，1982。
13. 《中國近代思想史上的胡適》，台北：聯經出版事業公司，1984。
14. 《從價值系統看中國文化的現代意義》，台北：時報文化出版公司，1984。按：此書有英文簡介，見 Heaven Earth, the Chinese Art of Living, Journal of Fine Arts Inner Arts I.1(May 1991), San Francisco；德文譯本見 Martin Miller, Die Modernitat der Tradition, Zum Kulturvestandnis des Chineisischen Historikers Yu Yingshi, Munster: Lit, 1995, pp. 59-121.
15. 《中國近世宗教倫理與商人精神》，台北：聯經出版事業公司，1987；森紀子日譯本，東京：平凡社，1991；鄭仁在韓譯本，大韓教科書株式會社，1993。
16. 《士與中國文化》，上海：上海人民出版社，1987。
17. 《中國思想傳統的現代詮釋》，台北：聯經出版事業公司，1987。按：南京江蘇人民出版社1989年本為一名同實異的論文集，列入《海外中國研究叢書》。
18. 《文化評論與中國情懷》，台北：允晨文化公司，1990。
19. 《猶記風吹水上鱗：錢穆與現代中國學術》，台北：三民書局，1991；上海：遠東出版社1994年本《錢穆與中國文化》，內容略有不同。
20. 《內在超越之路：余英時新儒學論著輯要》，北京：中國廣播電視出版社，1992。
21. 《中國文化與現代變遷》，台北：三民書局，1992。
22. 《民主與兩岸動向》，台北：三民書局，1993。
23. 《歷史人物與文化危機》，台北：東大圖書公司，1995。
24. 《現代儒學論》，美國紐澤西：八方文化企業公司，1996；上海：上海人民出版社1998年本，有增訂。
25. 《中國知識分子論》（康正果編），河南人民出版社，1997。
26. 《陳寅恪晚年詩文釋證》，台北：東大圖書公司，1998。
27. 《論士衡史》（傅杰編），上海：文藝出版社，1999。
28. 《朱熹的歷史世界-－宋代士大夫政治文化的研究》，台北：允晨文化實業股份有限公司，2003。

B.論文

1. 〈中國知識人之史的考察〉，《中華文化的過去、現在和未來--中華書局八十週年紀念論文集》，台北：中華書局，1992，頁458-476。
2. 〈歷史女神的新文化動向與亞洲傳統的再發現〉，《九州學刊》5.2(1992)：5-18。
3. 〈明清變遷時期社會與文化的轉變〉，余英時等著，《中國歷史轉型時期的知識分子》，台北：聯經出版事業公司，1992，頁35-42。
4. 〈王僧虔〈誡子書〉與南朝清談考辨〉，《中央研究院中國文哲研究集刊》3(1993)：173-196；又見湯一介編，《國故新知：中國傳統文化的再詮釋》（湯用彤先生誕辰百周年紀念論文集），北京：北京大學出版社，1993，頁173-183。
5. 〈章學誠文史校讎考論〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》64.1(1993)：205-221；又收在北京《中國文化》10(1994)：27-36及四川大學歷史系編，《冰繭彩絲集》（紀念繆鉞教授九十壽辰暨從教七十年論文集），成都出版社，1994，頁493-514。
6. 〈《錢穆與中國文化》自序〉，《學術集林》，上海：遠東出版社，1994，頁 223-229。
7. 〈我走過的路〉，《關西大學中國文學會紀要》16（日本‧大阪，1995）：1-9。
8. 〈談中國當前的文化認同問題〉，香港中文大學中國文化研究所，《二十一世紀》31(1995)：13-15。
9. 〈追憶牟宗三先生〉，台北，《中國時報》，1995.4.20，11版。
10. 〈文化危機與民族認同〉，《學術集林》卷七，上海：遠東出版社，1996，頁63-92。
11. 〈中國史學界的樸實楷模--敬悼嚴耕望學長〉，台北，《聯合報》，1996.10.22-23，37版；收入嚴耕望先生紀念集編輯委員會編，《充實而有光輝--嚴耕望先生紀念集》，台北：稻禾出版社，1997，頁35-44。
12. 〈《朱熹的思維世界》（田浩著）序〉，台北：允晨文化公司，1996，頁3-8。
13. 〈明清小說與民間文化--《和風堂新文集》序〉，台北，《聯合文學》12.11(1996)：14-26；柳存仁，《和風堂新文集》，台北：新文豐出版公司，1997，頁1-23。
14. 〈《郭廷以、費正清、韋慕庭--臺灣與美國學術交流個案初探》（張朋園著）序〉，《中央研究院近代史研究所專刊》80，台北，1997，頁i-vi。
15. 〈1997思前想後〉，《二十一世紀》41(1997)：4-8。
16. 〈漂流：古今中外知識人的命運〉（劉再復《西尋故鄉》序），台北，《聯合報》副刊，1997.5.8-9；《西尋故鄉》，香港：天地圖書公司，1997，頁1-8。
17. 〈東西方漢學和《東西方漢學思想史》〉，香港，《明報月刊》32.12(1997)：110-111；又見北京，《世界漢學》創刊號(1998)：190-193。
18. 〈《煮酒論思潮》（陳奎德著）序〉，台北：東大圖書公司，1997，頁1-8。
19. 〈俠與中國文化〉，劉紹銘、陳永明編，《武俠小說論卷》上冊，香港：明河社，1998，頁4-76。
20. 〈士商互動與儒學轉向--明清社會史與思想史之一面相〉，郝延平、魏秀梅主編，《近世中國之傳統與蛻變：劉廣京院士七十五歲祝壽論文集》上冊，台北：中央研究院近代史研究所，1998，頁3-52。
21. 〈戊戌政變今讀〉，《二十一世紀》45(1998)：4-14。
22. 〈論學談詩二十年--關於《胡適與楊聯陞往來書札》〉，台北，《聯合報》副刊，1998.2.22-23；《論學談詩二十年--胡適與楊聯陞往來書札‧序》，台北：聯經出版事業公司，1998，頁i-xii。
23. 〈香港的自由與學術文化〉，《明報月刊》33.3(1998)：15-16。
24. 〈《朱熹哲學思想》（金春峰著）序〉，台北：東大圖書公司，1998，頁1-4。
25. 〈《自由鳥》（鄭義著）序〉，台北：三民書局，1998，頁1-7。
26. 〈我所認識的錢鍾書先生〉，台北，《中國時報》，1998.12.24，14版；又見《文匯讀書周報》1999.1.2，9版，上海：文匯新民聯合報業集團出版。
27. 〈朱熹哲學體系中的道德與知識〉，收在賀照田主編，《學術思想評論》第五輯，瀋陽：遼寧大學出版社，1999，頁352-375。
28. 〈文藝復興乎？啟蒙運動乎？--一個史學家對五四運動的反思〉，收在余英時等著，《五四新論：既非文藝復興亦非啟蒙運動》，台北：聯經出版事業公司，1999，頁1-31。
29. 〈嚴復與中國古典文化〉，台北，《聯合報》，1999.7.11-12，37版。
30. 〈《共產中國五十年》序〉，金鐘主編，《共產中國五十年，1949-1999》，香港：開放雜誌社，1999，頁1-7。
31. 〈商業社會中士人精神的再造〉，台北，《聯合報》副刊，1999.9.12-13。
32. 〈讓一部分人在精神上先富起來！〉，《二十一世紀》56(1999)：10-14。
33. 〈學術思想史的創建及流變：從胡適與傅斯年說起〉，《古今論衡》3(1999)：66-75。
34. 〈多元化與普遍價值的尋求--祝台灣大學七十週年校慶〉，黃俊傑、何寄澎主編，《臺灣的文化發展--世紀之交的省思》，台北：國立台灣大學，1999，頁1-9。
35. 〈《朱子文集》序〉，陳俊民校編，《朱子文集》（共十冊），台北：德富文教基金會，2000，冊一，頁13-26；又刊於瀋陽：遼寧教育出版社，《萬象》2.9(2000)：1-13，題為〈談宋代政治文化的三個階段〉。
36. 〈軸心突破與禮樂傳統〉，《二十一世紀》58(2000)：17-28。
37. 〈「王道」在今天的世界〉，馬鶴凌編著，《文明融合與世界大同》，台北：台灣中華書局，2000，頁139-147。
38. 〈新亞精神與中國文化〉，劉述先主編，《中國文化的檢討與前瞻‧序》（新亞叢書之四），新加坡：世界科技出版公司，2000，即出；又見台北，《聯合報》副刊，2000.10.24-25。
39. 〈重振獨立自主的人格〉，香港，《明報月刊》35.1(2000)：18-20。
40. 〈打破「西方民主」的迷思〉，阮銘，《民主在台灣‧序》，台北：遠流出版事業公司，2000，頁Ⅰ-Ⅳ。
41. 〈「天地閉‧賢人隱」的十年〉，《二十一世紀》61(2000)：4-6。

A. Book

1. Views of Life and Death in Later Han China. Doctoral Dissertation, Harvard University, 1962.
2. Trade and Expansion in Han China, A Study in the Structure of Sino-Barbarian Economic Relations. Berkeley, Ca.: University of California Press, 1967.
3. Early Chinese History in the People's Republic of China. Editor and principal author, Seattle: School of International Studies, University of Washington, 1981.
4. The Power of Culture, Studies in Chinese Cultural History. Co-editor (with Willard J. Peterson and Andrew H. Plaks), Hong Kong: The Chinese University of Hong Kong Press, 1994.

B. Articles

1. "Life and Immortality in the Mind of Han China," Harvard Journal of Asiatic Studies 25(1964-65): 80-122.
2. A review article on D.C. Twitchett, Financial Administration under the T'ang Dynasty, Journal of the American Oriental Society 84.1 (1964): 71-82.
3. "The Two Worlds of Hung-lou meng," (tr. by Diana Yu), The Renditions-English Translation Magazine, The Chinese University of Hong Kong, No. 2 (Spring 1974): 5-22.
4. "Some Preliminary Observations on the Rise of Ch'ing Confucian Intellectualism," Tsing Hua Journal of Chinese Studies, New Series XI.1/2 (December 1975): 105-144.
5. "Han," in K. C. Chang, ed., Food in Chinese Culture, Anthropological and Historical Perspectives. New Haven and London: Yale University Press, 1977, pp. 53-83.
6. "Toward an Interpretation of the Intellectual Transition in Seventeenth-century China," Journal of the merican Oriental Society 100.2 (1980): 115-125.
7. "New Evidence on the Early Chinese Conception of Afterlife," Journal of Asian Studies XLI.1 (November 1981): 81-85.
8. "Tai Chen and the Chu Hsi Tradition," in Chan Ping-leung, ed., Essays in Commemoration of the Golden Jubilee of the Fung Ping Shan Library, Studies in Chinese Librarianship, Literature, Language, History and Arts. Hong Kong: Hong Kong University Press, 1982, pp. 376-392.
9. "The Study of Chinese History: Retrospect and Prospect," in George Kao, ed., The Translation of Things Past, Chinese History and Historiography. Hong Kong: The Chinese University of Hong Kong Press, 1982, pp. 7-26.
10. "The Seating Order at the Hung-men Banquet," in George Kao, ed., The Translation of Things Past, Chinese History and Historiography, pp. 49-61.
11. "Individualism and Neo-Taoist Movement in Wei-Chin China," in Donald Munro, ed., Individualism and Holism: Studies in Confucian and Taoist Values. Ann Arbor: University of Michigan Press, 1985, pp. 121-155.
12. "T'ung-ch'eng School," in William H. Nienhauser Jr., editor and compiler, The Indiana Companion to raditional Chinese Literature. Bloomington, Ind.: Indiana University Press, 1986, pp. 837-840.
13. "Morality and Knowledge in Chu Hsi's Philosophical System," in Wing-tsit Chan, ed., Chu Hsi and Neo-Confucianism. Honolulu: University of Hawaii Press, 1986, pp. 228-254.
14. "Han Foreign Relations," in Denis Twitchett and Michael Loewe, eds., The Cambridge History of China, vol. I: The Ch'in and Han Empires, 221 B.C.-A.D. 220. Cambridge: Cambridge University Press, 1986, pp. 377-462.
15. "'O Soul, Come Back!' A Study in the Changing Conceptions of the Soul and Afterlife in Pre-Buddhist China," Harvard Journal of Asiatic Studies 47.2 (December 1987): 363-395.
16. "The Intellectual World of Chiao Hung Revisited," Ming Studies 25 (Spring 1988): 24-66.
17. "Tai Chen's Choice between Philosophy and Philology," Asia Major, Third Series, 2.1 (1989):79-108.
18. "Sun Yat-sen's Doctrine and Traditional Chinese Culture," in Chu-yuan Cheng, ed., Sun Yat-sen's Doctrine and the Modern World. Boulder & London: Westview Press, 1989, pp.79-102.
19. "The Hsiung-nu," in Denis Sinor, ed., The Cambridge History of Early Inner Asia. Cambridge: Cambridge University Press, 1990, pp. 118-150.
20. "Clio's New Cultural Turn and the Rediscovery of Tradition in Asia," A Keynote Address to the 12th Conference, International Association of Historians of Asia. University of Hong Kong,1991, pp. 10-30.
21. "Student Movements in Chinese History and the Future of Democracy in China," in Peter Li, Steven Mark, and Marjorie H. Li, eds., Culture and Politics in China: An Anatomy of Tiananmen Square. New Brunswick and London: Transaction Publishers, 1991, pp. 243-257.
22. "Foreword," in Hoyt Cleveland Tillman, Confucian Discourse and Chu Hsi's Ascendancy. Honolulu: University of Hawaii Press, 1992, pp. ix-xi.
23. "Roots of Moral Crisis in China Today," Insights on Global Ethics 2.5 (May 1992): 7-8.
24. "The Radicalization of China in the Twentieth Century," Daedalus, Journal of the American Academy of Arts and Sciences 122.2 (Spring 1993): 125-150.
25. "Modern Chronological Biography and the Conception of Historical Scholarship," Chinese Historians 6.1 (Spring 1993): 31-43.
26. "Intellectual Breakthroughs in the T'ang-Sung Transition," in Willard J. Peterson, Andrew H. Plaks and Ying-shih Yu, eds., The Power of Culture. Hong Kong: The Chinese University of Hong Kong Press, 1994, pp. 158-171.
27. "Changing Conceptions of National History in Twentieth-century China," in Erik Lonnroth, Karl Molin, Ragnar Bjork, eds., Conceptions of National History, Proceedings of Nobel Symposium 78. Berlin and New York: Walter de Gruyter, 1994, pp. 155-174.
28. "Foreword," in Chin-shing Huang, Philosophy, Philology and Politics in Eighteenth-century China: Li Fu and the Lu-Wang School under the Ch'ing. Cambridge: Cambridge University Press, 1995, pp. ix-xv.
29. "Modernization versus Fetishism of Revolution in Twentieth-century China," in Eric Wu and Yun-han Chu, eds., The Predicament of Modernization in East Asia. Taipei: National Cultural Association, 1995, pp. 59-74.
30. "Zhang Xuecheng versus Dai Zhen: A Study in Intellectual Challenge and Response in Eighteenth-century China," in Philip J. Ivanhoe, ed., Chinese Language, Thought and Culture, Nivison and His Critics. Chicago and La Salle: Open Court, 1996, pp. 121-154.
31. "The Idea of Democracy and the Twilight of the Elite Culture in Modern China," in Ron Bontekoe and Marietta Stepaniants, eds., Justice and Democracy: Cross-cultural Perspectives. Honolulu: University of Hawaii Press, 1997, pp. 199-215.
32. "China's New Wave of Nationalism," in Larry Diamond, Marc F. Plattner, Yun-han Chu, and Hung-mao Tien, eds., Consolidating the Third Wave Democracies. Baltimore: The Johns Hopkins University Press, 1997, pp. 257-264.
33. "Business Culture and Chinese Traditions-Toward a Study of the Evolution of Merchant Culture in Chinese History," in Wang Gungwu and Wong Siu-lun, eds., Dynamic Hong Kong: Its Business and Culture. Hong Kong: Centre of Asian Studies, the University of Hong Kong, 1997, pp. 1-84.
34. "Confucian Ethics and Capitalism," in The Challenge of the 21st Century, the Response of Eastern Ethics. Asa Foundation International Symposium, Seoul, South Korea, 1998, pp. 57-77.
35. "Uberlegungen zum chinesischen Geschitsdenken," in Jorn Rusen, ed., Westliches Geschichtsdenken: eine interkulturelle Debatte. Gottingen: Vandenhoeck & Ruprecht, 1999, pp. 237-268.
36. "Democracy, Human Rights and Confucian Culture," The Fifth Huang Hsing Foundation Hsueh Chun-tu Distinguished Lecture in Asian Studies, Asian Studies Centre, St. Antony's College, University of Oxford, 2000, pp. 1-22.
37. "Neither Renaissance nor Enlightenment: A Historian's Reflections on the May Fourth Movement," in Milena Dole?elova, ed., The Burdens of the May Fourth Cultural Project. Cambridge, Mass.: Harvard University Press, forthcoming.
38. 〈中國知識人の 史的考察〉，《中國─社會と文化》5﹝東京，1990.6﹞：3-22。
39. 〈現代儒學の回顧と展望──明清期の思想基調のら 轉換か見た儒學の現代的發展〉，《中國─社會と文化》10﹝1995.6﹞：135-179。
40. 〈西歐近代化理論とアツ"ア〉，《綜合と多樣化──新し い變動の中の人間と社會》，法政大學第15回國際シン木ツ" ウム，東京法政大學出版局，1996，頁65-71。